脚指甲长在肉里一般是由不正确的修剪、外伤或者深层感染等原因引起的，可采用手术、药物治疗或者自我护理等方式进行治疗，详情如下：
1. 手术治疗：适用于严重生长在肉里的脚指甲，手术可以通过局部麻醉或者全麻进行。手术过程包括剪除肉芽组织、修剪脚指甲及周围组织，并保持正确的修剪方式，以避免再次生长在肉里。
2. 药物治疗：适用于轻度到中度生长在肉里的脚指甲。常用的药物治疗包括外用抗真菌药物或者抗生素药膏，可以起到消炎、杀菌的作用。此外，医生可能会建议使用软化剂来软化指甲，以方便修剪和减少疼痛。
3. 自我护理：适用于轻度生长在肉里的脚指甲，且没有感染症状。自我护理包括正确修剪脚指甲的方式和频率，保持脚部干燥清洁，选择合适的鞋子和袜子，避免刺激和外伤。
除以上相对常见的治疗方式外，还有其他的治疗方式，比如热敷、足浴等，适用于轻度疼痛或者肉芽组织较少的情况。但是对于严重感染、严重疼痛以及复发性情况，建议及时就医，接受专业医生的治疗和指导。